El sistema de alcantarillado del cantón Cuenca está constituido por redes de alcantarillado, Interceptores y las Plantas de Tratamiento; según inventario realizado son aproximadamente 1300 Km de redes de alcantarillado, 80 Km de redes de interceptores. Las redes están compuestas por tuberías con diámetros comprendidos entre 150 mm a 2000 mm para tuberías, existiendo otros colectores de variadas secciones; como sección baúl, sección cajón, de diferentes dimensiones.
Luego de la recolección de las aguas residuales en las redes de alcantarillado, mediante las cámaras de derivación las aguas sanitarias son descargadas a los interceptores y transportadas hacia la PTAR de Ucubamba para su tratamiento y los excesos de aguas lluvias descargados hacia los cuerpos receptores naturales.